棚户区房屋拆迁虽然也涉及到房屋拆迁，但是不同于城市房屋拆迁，它是一种征地拆迁的行为。棚户区房屋拆迁改造是指在城市政府规划、主导下，对城市规划区的建成区域内的集体所有土地进行改造建设的行为。其实质是农民集体所有的土地转为国有土地、农民转为居民的一种过程。
因此，进行棚户区房屋拆迁改造建设，需要使用农民集体所有土地的，不但要报经有批准权的政府部门批准，由人民政府进行土地征收，将土地的集体性质转变为国有，还要履行严格的征地法律程序：
（一）以书面形式告知被征地人棚户区改造拟征地的位置、用途、补偿标准、安置途径等征地基本情况；
（二）由将进行改造的棚户区所在地县级以上人民政府土地行政主管部门对拟征地的地类、权属、面积、地上附着物等土地基本情况进行调查，调查结果应当与被征地人等土地权利人共同确认；
（三）将进行改造的棚户区所在地县级以上人民政府土地行政主管部门应当告知被征地人申请听证的权利；
（四）棚户区所在地的县级以上人民政府在征地方案批准后，应当在收到征地方案批准文件之日起10个工作日公告征地方案；
（五）被征地人在征地方案规定的期限内，持土地权属证书等材料到棚户区所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记；
（六）棚户区所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门自征地公告之日起45日内对拟征地安置补偿方案进行公告；
（七）拟征地安置补偿方案确定后，棚户区所在地的县级以上人民主管部门依照征地安置补偿方案对被征地人进行安置补偿。征地的各项费用应当自征地补偿、安置方案批准之日起3个月内全额支付。 
棚户区房屋拆迁改造是一项伟大的社会变革，是城市发展进步的重要举措，关系到征地农民生活方式的根本转变，涉及到村民、开发商和政府等多方主体的切身利益，因此改造建设过程中会出现各种各样的矛盾和纠纷，其中因拆迁安置补偿所引起的争议作为突出和复杂。
拆迁安置补偿纠纷发生的原因主要有两类：无法达成拆迁安置补偿协议和不履行拆迁安置补偿协议。对于不履行拆迁安置补偿协议所引起的纠纷，其性质属于合同纠纷，因此当事人可以协商解决，也可以直接向人民法院提起诉讼。而对于未达成安置补偿协议所引起的纠纷，《城市房屋拆迁管理条例》第十六条规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决应当自收到申请之日起３０日内作出。当事人对裁决不服的，可以自裁决书送达之日起３个月内向人民法院起诉。拆迁人依照本条例规定已对被拆迁人给予货币补偿或者提供拆迁安置用房、周转用房的，诉讼期间不停止拆迁的执行。”
拆迁人和被拆迁人应当首先向土地行政主管部门申请行政裁决，这是向法院提起诉讼的前置程序。未经行政裁决，当事人不能直接向法院提起诉讼。对于行政裁决结果不服，当事人可以可在接到裁决书之日起六十日内向当地人民政府或政府主管部门申请行政复议，也可以在三个月内向当地人民法院起诉。